Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình hạ tầng kỹ thuật và nông nghiệp TP. Hà Nội ( Ban QLDA ) đã đề nghị Thanh tra TP. Hà Nội sớm vào cuộc thanh tra đối với nhiều gói thầu thuộc dự án hệ thống xử lý nước thải Yên Xá với tổng mức đầu tư hơn 16.000 tỷ đồng có dấu hiệu chậm tiến độ. Nhiều gói thầu đã phát sinh chi phí phạt chậm hợp đồng, dẫn đến chậm tiến độ của gói thầu số 3 chỉ đạt 18% khối lượng thi công ống cống D400,62,5% thi công hố ga và hơn 76% giếng tách. Chủ đầu tư cho rằng nguyên nhân chậm tiến độ là do năng lực, tài chính yếu kém của liên danh nhà thầu. UBND TP. Hà Nội đã chấp thuận chấm dứt hợp đồng thi công đối với gói thầu số 3 và Ban QLDA đề nghị Thanh tra TP. Hà Nội sớm vào cuộc thanh tra để đáp ứng tiến độ thực hiện dự án và lựa chọn nhà thầu thi công cho gói thầu số 3.